Les methodes moleculaire utilisées dans l’identification des microorganismes

La microbiologie se consacre à l’identification, la caractérisation des microorganismes; l’étude de leur origine et de leur évolution ; elle définit leurs caractéristiques, les produits de leurs activités et leurs besoins nutritifs, afin de comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel. La microbiologie est basée particulièrement sur la relation identité/fonction des micro-organismes, pour améliorer les connaissances des mécanismes biologiques.
Ce manuel de laboratoire met l’accent sur les principes de base de la microbiologie et s’adresse aux étudiants biologistes, ingénieurs et techniciens de laboratoire intéressés par le rôle des microorganismes dans les diverses affections, de l’hygiène, de l’environnement et de l’industrie agroalimentaire. Il est principalement orienté vers ceux qui souhaitent, dans la pratique de leur profession, apprendre ou amélioré leurs connaissances sur les principes des analyses et investigations microbiologiques.
Dans cet ordre d’idée, le microbiologiste doit répondre à plusieurs questions dont les principales sont : qui, combien, comment ? Les méthodes de microbiologie classiques (dites pasteuriennes ou empiriques) ne répondent que très imparfaitement à ces questions. L’identification et le dénombrement des micro-organismes se font par microscopie sur des critères morphologiques ou de coloration, ou encore par tests biochimiques après isolement et culture sur boîtes de Petri ou en milieux liquides. Or, la très grande majorité des microorganismes est incultivable sur ces milieux de culture car les facteurs de croissance demeurent inconnus. De plus, ces méthodes requièrent l’isolement du micro-organisme de son milieu naturel et de sa communauté, ce qui biaise forcément l’évaluation de ses activités. Les méthodes moléculaires, en s’affranchissant de la mise en culture, réduisent énormément les biais des méthodes pasteuriennes. Elles permettent de caractériser les micro-organismes d’un échantillon, qu’ils soient cultivables ou non, dans leur environnement naturel.
Les auteurs de ce manuel soulignent l’importance des fonctions du laboratoire de microbiologie dans le diagnostic microbien. Ils accordent une attention particulière, en plus des techniques d’analyse classiques (dites pasteuriennes ou empiriques), à l’application des techniques nouvelles et ont fait une mise à jour des procédures de base et de référence ; parmi ces techniques modernes, l’utilisation des méthodes de biologie moléculaire de diagnostic.

La biologie moléculaire est apparue à la fin du XXe siècle, à la suite de l’élaboration des lois de la génétique. Elle est une discipline scientifique au croisement de la génétique, de la biochimie et de la physique, dont l’objet est la compréhension des mécanismes de fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire (ADN, ARN). Il existe un grand nombre de techniques, permettant l’étude moléculaire d’un microorganisme au niveau génétique comme la PCR (RFLP-RAPD…etc), l’électrophorèse, la bioinformatique et la caractérisation au niveau protéomique tel le MALDITOF MS et MALDITOF MS-MS. Ces outils peuvent servir pour comparer, caractériser des populations ou mettre en évidence certains genres, espèces ou souches dans un échantillon. Ces derniers sont maintenant de
plus en plus utilisés dans de nombreux laboratoires d’analyse microbiologique.